Emplazados en las riberas del Jarama y del Manzanares se han encontrado vestigios más antiguos (restos de herramientas de caza) de asentamientos humanos en la región, que pertenecen al periodo Paleolítico (600.000 a 4.000 años a.de C.). También se han encontrado otros restos de este periodo en Rivas-Vaciamadrid (yacimiento de Arriaga) y en Arganda (yacimiento de Áridos).

En la época del Neolítico (4.000 a 1.000 a.de C.) los pobladores se convirtieron de nómadas en sedentarios y aparecen la agricultura y los primeros poblados. Restos de los primitivos agricultores se encontraron en la Casa de Campo y en San Fernando de Henares. Asimismo en el sureste de la Comunidad se han hallado restos de un tipo de cerámica de la época neolítica representada por el vaso campaniforme encontrado en Ciempozuelos.

También los celtíberos, que recibían el nombre de carpetanos, se asentaron en la Meseta, con poblados organizados totalmente agrícolas. Los restos celtíberos más importantes se han localizado en Alcalá de Henares y Getafe.