Los ecosistemas son diferentes escenarios de vida que se transforman según la altura, el clima, los suelos, la vegetación y los animales que viven en un determinado territorio. Por lo tanto, los ecosistemas son diferentes zonas naturales en las que los seres vivos y los elementos inanimados actúan intercambiando materiales en una relación recíproca. Estas zonas naturales permanecerían en equilibrio de no intervenir el hombre para romperlo con graves consecuencias para la propia sociedad humana (contaminación, deforestación, destrucción de especies).
Los espacios naturales en los que ha intervenido muy poco la mano del hombre están protegidos y se denominan: Parques naturales, Reservas naturales, Sitios de natural interés o Paraje pintoresco. En ellos influyen la temperatura, las precipitaciones y la altitud que condicionan la vegetación y la fauna del lugar.
En la Comunidad de Madrid existen lugares con tal variedad de especies vegetales que pueden considerarse como jardines botánicos naturales. Podemos citar los siguientes:

| Dehesa de Sotillo: (Villaviciosa de Odón) con arces y chopos.
| Valle de la Fuenfría: (Cercedilla) con cerezos silvestres, tejos, serbales y diversas coníferas.
| Puerto de Canencia: con abetos, acebos y chopos. El abedular de Canencia es el más importante y el mejor conservado de nuestro territorio.
| Valle del Lozoya: el escalonamiento de la vegetación entre las cumbres y el fondo del valle es espectacular.

CUENCA ALTA DEL MANZANARES

| Régimen de protección: Parque Regional. El Parque Regional de la Cuenca Alta del Manzanares es un amplio corredor verde que une los límites de Madrid con la Sierra de Guadarrama, en los términos municipales de Colmenar viejo, Manzanares el Real y Moralzarzal. Podemos distinguir las siguientes zonas paisajísticas:
La Pedriza: Un paraje montañoso en el que la erosión ha conseguido formar un paisaje de gran belleza. Las especies vegetales más frecuente son la jara, el romero, el tomillo y la mielenrama. Se puede acceder desde Manzanares el Real.
El embalse de Santillana: Sus aguas abastecen a la ciudad de Madrid y sirven de refugio a numerosas aves: cigüeñas, gaviotas reidoras, grullas, ánsares y el porrón común. El mejor lugar para contemplar las aves es el observatorio que exis>te en el embalse. En su cuenca podemos encontrar el tritón jaspeado, el lagarto verdinegro y la lagartija.
El Soto de Viñuelas: Dehesa formada por encinas, fresnos y sauces, donde anida el águila imperial, una de las rapaces más hermosas. La Sierra de Hoyo de Manzanares: Los suaves relieves están cubiertos por una vegetación mediterránea formada por encinas, carracas y retamas. |

CARRIZAL DE VILLAMEJOR

| Régimen de protección: Reserva Natural. Situado en la zona sur de la Comunidad, en las proximidades del río Tajo, está formado por una estrecha vega limitada por suaves colinas. Sus tierras están regadas por el arroyo San Martín (Tajo). Es una zona poblada de carrizos, tarajes y espadañas que permiten sobrevivir a las especies de aves que viven junto a los márgenes del arroyo (polla de agua, codorniz y aguiluchos laguneros). Pero la principal riqueza vegetal son las sapinas, plantas de zonas costeras que resulta raro encontrarlas en el interior. Existe una destacada colonia de martinetes, también llamados "cuervos de la noche", que al atardecer empieza su intensa caza. Entre los mamíferos podemos encontrar conejos, jabalíes, topos, comadrejas y zorros.

HAYEDO DE MONTEJO DE LA SIERRA

Régimen de protección: Sitio Natural de Interés Nacional. Está situado al noroeste de la Comunidad, en el límite de Guadalajara, en la carretera que une Montejo con El Cardoso de la Sierra en pleno macizo de Somosierra. Incluye los municipios de Montejo de la Sierra y Horcajuelo de la Sierra. Los bosques de hayas son propios de las zonas húmedas del norte de la Península. La importancia y singularidad de este paraje viene dada por su enclave en el Sistema Central. El hayedo de Montejo de la Sierra, conocido como El Chaparral, es el bosque de hayas ubicado más al sur de la península. En el interior de los hayedos se suelen encontrar otros árboles como el rebollo, arbustos como el acebo, y matorrales como escobones y aulagas. En las orillas del río Jarama aparecen brezos, abedules y cerezos silvestres, que proporcionan alimento a las truchas y nutrias. En este espacio protegido viven numerosas aves (palomas torcaces, halcones abejeros, cárabos, agateadores y becadas).

MONTE DE EL PARDO

Limita al norte con el Parque Regional de la Cuenca del Manzanares y al este con el Parque Natural de Peñalara y es una muestra de los ecosistemas del centro de la Península. Son terrenos propiedad del Patrimonio Nacional. Su nombre hace referencia a la tonalidad de las encinas y al color de los animales que lo habitan como ciervos y jabalíes. Dentro de él podemos contemplar, además de los paisajes naturales, edificaciones muy destacadas: la Puerta de Hierro, el hipódromo de la Zarzuela, los palacios de El Pardo y de La Zarzuela y la Casita del Príncipe. Podemos destacar el encinar de llanura mejor conservado de toda la península, así como la fauna que de él se deriva. Existen concentraciones de águilas imperiales, posiblemente la mayor de la península, gran número de buitres negros y grullas. La caza ha estado ligada a la historia de El Pardo y hubo tiempos en que se podían encontrar osos y linces ibéricos. En la actualidad se estima que existen unos 5.000 ciervos, 7.000 gamos y 50.000 conejos. No está declarado Parque Nacional, pero merece una especial protección por ser el espacio natural más importante de la Comunidad en reserva de fauna.

PARQUE NATURAL DE PEÑALARA

| Régimen de protección: Parque Natural. Está situado al norte del puerto de Cotos, en la línea divisoria entre Madrid y Segovia, dentro del término municipal de Navacerrada. Peñalara se extiende hacia el norte por la extensa cumbre de Dos Hermanas, donde destacan los riscos de Claveles y los Pájaros. En la caída sur del pico de Peñalara está la Laguna Grande, a 2.022 m. de altitud, rodeada de rocas modeladas por la erosión de los hielos. Los únicos árboles que pueden encontrarse son los pinos silvestres, aunque la mayor parte del terreno está cubierta por matorrales de piorno, enebro enano, cambroño y brezo. La carretera que conduce a La Granja de San Ildefonso está flanqueada por robles. Muchos pájaros alegran con su presencia y su canto el paisaje natural del parque: el pechiazul, la collalba y el roquero rojo.
En lo alto del puerto de Navacerrada se pueden practicar los deporte de nieve. En Cotos encontramos el suelo cubierto de helechos al pie de altos árboles, y aunque no se vean, son abundantes las ardillas, los jabalíes y los corzos.
Mención especial merece la cartuja de Santa María del Paular (Rascafría), mandada construir en el S. XV por Enrique II, y que es la más antigua cartuja de Castilla. Son notables su claustro y su iglesia de estilo gótico con elementos barrocos, y la escultura del retablo mayor.

LAGUNA DE SAN JUAN

Régimen de protección: Refugio de Fauna. Forma parte de tres lagunas y dos carrizales en el curso bajo del río Tajuña, al sur de Madrid, cerca de Chinchón. San Juan es la laguna más grande e importante, presenta forma triangular y está rodeada por un carrizal surcado de canales artificiales. Tiene una abundante vegetación formada por carrizos, espadañas, mimbreras, sauces de ribera, coscojas y tarayes. En ella habitan gran cantidad de aves acuáticas como el estornino pinto, siendo una de las mayores riquezas de la laguna. Entre las aguas y la vegetación podemos encontrar codornices, rascones, porrones comunes y cigüeñas. En los alrededores de la laguna hay gran cantidad de topos.

PEÑAS DEL ARCIPRESTE DE HITA

| Régimen de protección: Monumento Natural de Interés Nacional. Están situadas entre el Collado de la Sevillana y la Peña del Cuervo, muy cerca del puerto de Los Leones. Los pinos silvestres y los helechos son los componentes vegetales del paisaje. En el bosque conviven aves como el carbonero garrapinos, el herrerillo capuchino, el cuco, el arrendajo y el azor.

PINAR DE ABANTOS Y SIERRA DE LA HERRERÍA

| Régimen de protección: Paraje Pintoresco. Se encuentra en el término municipal de San Lorenzo de El Escorial y es propiedad del Patrimonio Nacional. En el bosque mixto de La Herrería encontramos una vegetación de castaños, robles y fresnos, y una fauna en la que destaca una rapaz nocturna, el cárabo. También son importantes los mamíferos como las garduñas, los gatos monteses y las comadreas. Labrada en una roca está la Silla de Felipe II; desde allí el monarca controlaba las obras del Monasterio de El Escorial. A lo largo de los ríos hay pinos silvestres y fresnos, donde viven el herrerillo común y el milano real.

PARQUE DEL SURESTE

| Régimen de protección: Parque Regional. Tiene una extensión de 29.000 hectáreas. Es uno de los parques más grandes de la Comunidad de Madrid en el que hay gran variedad de paisajes con lagunas artificiales y donde se han encontrado gran cantidad de fósiles y restos arqueológicos. Comprende varios términos municipales, entre los que destacan Getafe, Arganda, Alcalá de Henares y Rivas-Vaciamadrid. En la zona que comprende el municipio de Rivas-Vaciamadrid las aves migratorias hacen una parada, por lo que es frecuente observar, entre otras, gran cantidad de cigüeñas. Los árboles más abundantes son las encinas, los fresnos y los olmos, entre cuyas ramas podemos ver herrerillos comunes y carboneros; pero sobre todo es una zona en la que abundan las rapaces nocturnas como el búho, la lechuza y el mochuelo. Entre los mamíferos destacan el conejo, el zorro y el jabalí.